組合の意思決定や業務の執行を行うための組織は、総会、理事会、役員等の機関が定められているほか、 必要によって役員会などの任意機関を設けることもできますが、一般的な組織図は次のようになっています。

〔組合の管理・運営組織図〕

　総会は組織運営等に関する基本的事項を決定し、その総会に基づき、理事会が業務の執行を決定し、理事会の決定に基づいて代表理事が事務局を使って業務を執行します。
　また、任意機関である委員会・部門は、理事会等の諮問機関として理事会等が業務方針等を決定する際の参考意見を提供します。また、同様に任意機関である専務理事・常務理事は、代表理事の業務執行を補佐します。

◆総会(総代会)

　総会は、組合員全員で構成し、組合の基本的事項を決定する組合の最高の意思決定機関です。また、総会の決定事項は、理事の業務遂行や組合員をすべて拘束しますので、組合の機関のなかでは最高の機関でもあります。
　特に、組合は、組合の活動が直ちに組合員の事業に結びついており、その組合活動の最高の意思を決定する総会の決議は、組合員の利害に直結するものであります。したがって、総会の運営は、形式的な運営を行わないで、十分審議を尽くすとともに、相互の意思疎通を図るように努める必要があります。
　総会の種類には、通常総会と臨時総会とがあります。通常総会は、毎事業年度１回定期に開催し、決算関係書類の承認を行うよう義務付けられていますが、通常、事年度終了後２か月以内に開催し、事業計画・収支予算の設定等についても議決します。臨時総会は、何時でも必要があれば開催できるもので、その招集手続 や運営等は通常総会の場合と同様です。

<1>総会の権限
　総会は、組合員全員で構成し、組合の意思を決定する機関ですから、すべてのことを決定(決議)しても良いわけですが、しばしば総会を開催するわけにはいきませんので、具体的な業務遂行の決定は理事会に委ね、基本的な事項についてのみ決定しています。
　具体的な総会の議決事項は、法律によって定められている事項(法定議決事項)と、定款によって任意に定める事項(任意議決事項)とがありますが、主なものは次の通りです。

(法定議決事項)

1. 定款の変更
2. 規約の設定・変更
3. 事業計画・収支予算の設定・変更
4. 経費の賦課徴収方法
5. 組合員の除名
6. 役員の選挙
7. 役員の解任
8. 決算関係書類の承認
9. 組合の解散・合併の承認
10. 出資一口の金額の減少の決定

1. 取引金融機関
2. 借入金の最高限度
3. １組合員に対する貸付金・債務保証額の最高限度
4. 加入金の額
5. 手数料・使用料の額
6. その他理事会で必要と認める事項

◆理事会

　組合の管理・運営等の基本的事項は総会で決定しますが、具体的な業務の執行の決定は、理事会が担当します。
　理事会は、理事全員で構成し、総会で決定しなければならない事項を除いて、業務に関する一切の事項を決定する権限をもっています。
　また、理事会で決定した業務を実際に行うのは代表理事ですが、代表理事が理事会の決定の通り正しく業務を遂行しているかどうかを監視することも、理事会の責務となっています。

<1>理事会の議決事項
　理事会は、総会の権限以外の業務に関する一切のことを決定する権限をもっていますが、理事会の議決事項としては、次のようなものがあります。

1. 総会において決定した業務の執行と執行細目の決定
2. 総会の招集と総会への提出議案の決定
3. 代表理事の選任(副理事長、専務理事等の選任を含む。)
4. 組合員の加入の承認(協業組合の場合は、総会付議事項)
5. 持分譲渡の承認(協業組合の場合は、総会付議事項)
6. 理事の自己契約の承認
7. 委員会など理事会の諮問機関の委員等の承認
8. 参事・会計主任の選任・解任
9. その他